Array-comparative genomic hybridization analysis in a cohort of 130 children with Autism Spectrum Disorders: A single Center Italian Study

Abstract

Abstract:

Introduction: Autism spectrum disorder (ASD) is a heterogeneous clinical condition, and its genetic basis is widely confirmed. The chromosomal microarray analysis (CMA) is a first-line diagnostic test that identifies copy number variants (CNVs). Some of these genomic rearrangements are associated with ASD, but the meaning of most of them is still unknown.  Materials and methods: We performed a comparative genome hybridization (array-CGH) analysis in 130children with confirmed ASD. Genetic results were analyzed and compared to clinical phenotype.   Results and discussion: 61/130 children carry CNVs, 44 presenting variants of unknown significance (u-CNVs), and 17 with susceptibility-CNVs (c-CNVs).  Clinical evaluation showed no differences in cognitive abilities, language and EEG abnormalities, ASD symptoms among CNVs group and other patients. Finally, we highlight the role of GPHN, IMMP2Land ZMYND11, as ASD susceptibility genes.   Conclusions: Our findings underscore the importance of array-CGH in ASD children since new CNVs and emerging genes appear to be associated with different clinical pictures.

Keywords: Array-CGH, Autism, CNVs

Riassunto:

Introduzione: Il disturbo dello spettro autistico (ASD) è una condizione clinica eterogenea e la sua base genetica è ampiamente confermata. L'analisi dei microarray cromosomici (CMA) è un test diagnostico di prima linea che identifica le varianti del numero di copie (CNV). Alcuni di questi riarrangiamenti genomici sono associati all'ASD, ma il significato della maggior parte di essi è ancora sconosciuto. Materiali e metodi: Abbiamo eseguito un'analisi comparativa di ibridazione del genoma (array-CGH) in 130 bambini con diagnosi di Autismo. I risultati genetici sono stati analizzati e confrontati con il fenotipo clinico. Risultati e discussione: 61/130 bambini sono portatori di CNV, 44 presentano varianti di significato sconosciuto (u-CNV) e 17 con suscettibilità-CNV (c-CNV). La valutazione clinica non ha mostrato differenze nelle capacità cognitive, nel linguaggio e nelle anomalie EEG, nei sintomi ASD tra il gruppo dei pazienti con CNVs  e gli altri pazienti. I risultati sottolineano il ruolo di GPHN, IMMP2L e ZMYND11, come geni di suscettibilità ASD. Conclusioni: I nostri risultati sottolineano l'importanza dell'array-CGH nei bambini con ASD, allo scopo di approfondire l’associazione con nuove CNVs e geni correlati.

Parole chiave: Array-CGH, Autismo, CNVs

 

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